Na primeira metade do século XIX, Frederico Wilmer, que viria a contrair febre a amarela e morrer em 1851, andou pela região que mais tarde constituiria o município de Afonso Cláudio, procurando ouro. Encontrou-o efetivamente no lugar denominado Lagoa, na fazenda Santo Antônio do Alto Guandu, pertencente a Antônio de Souza Barros.
Pouco tempo depois, outro aventureiro enveredou por aquela região, chegando a construir rancho no local onde hoje está o jardim público da cidade. Prosseguindo sua penetração, foi ter à casa de Antônio de Souza Barros, a quem conseguiu entusiasmar com a descrição das terras férteis que percorrera.
Seja em razão desta narrativa, ou porque já tivesse isso em mente, o fato é que, em 1876, Souza Barros foi até às cabeceiras do rio Guandu, no atual distrito de Boa Sorte. Já em fins de 1883, algumas famílias que então residiam às margens do Ribeirão Lagoa se mudaram para o lugar denomina do “Arre pendido”, que distava cerca de 5 quilômetro da atual cidade. Iniciaram aí a construção de uma capela e, mais tarde, de um cemitério.
Citam-se entre estas famílias as de Inácio Gonçalves Lamas, Jorge Guilherme Gomes, Coimbra de Oliveira e outros. Entretanto, esses pioneiros pouco tempo ali permaneceram, transferindo-se para o local onde hoje fica a parte norte da cidade, propriedade de Eugênio Silva, que recebera o direito de posse de José Gabril.
Em 1885, Sabino Coimbra, Inácio Lemos, Jorge Gomes e Joaquim Galvão lançaram os fundamentos da povoação, construindo as primeiras casas. Batizaram o povoado com o nome de São Sebastião do Alto Guandu.
De 1896 a 1900, os índios que ali havia foram aos poucos desaparecendo. A povoação progrediu rapidamente. Os primeiros caminhos carroçáveis que viriam incrementar seu desenvolvimento, ligando-a às localidades vizinhas, foram construída por Inácio Gonçalves com o auxílio dos indígenas.
Por essa época, os habitantes do lugar estavam ainda sob jurisdição de Porto do Cachoeiro de Santa Leopoldina. Em 20 de novembro de 1890, foi criado o município.
Ao novo município foi dado o nome de um republicano, Afonso Cláudio, jurisconsulto espírito santense e primeiro governador do Estado.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído de 7 distritos: Afonso Cláudio, Fazenda Guandu, Ibicaba, Piracema, Pontões, São Francisco Xavier do Guandu e Serra Pelada.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2003.
